Die Leitung des Diakonie-Klinikums liegt in der Hand des Geschäftsführers und der Krankenhausleitung. Die Krankenhausleitung setzt sich aus dem Geschäftsführer, dem Verwaltungsdirektor, zwei Ärztlichen Direktoren und der Pflegedirektorin zusammen. Geschäftsführer und Krankenhausleitung tragen die Verantwortung für die rund 1.750 Mitarbeitenden und die Entwicklung in Medizin, Pflege und Management. Oberstes Kontrollgremium ist der Aufsichtsrat.